Mega Man III é praticamente idêntico ao de Mega Man II: localizar e destruir os robôs guardiões do Dr. Willy,que estão localizados em oito lugares distintos, para depois invadir o castelo do próprio Dr. Willy. Neste episódio, Mega Man conhecerá um novo e misterioso protótipo, chamado Proto Man, que aparecerá em algumas partes do jogo para desafiá- lo e também para ajudá- lo em situações difíceis.
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